PhD

• ELİF ÇEVRİM   continues  Joint Representation Learning of Heterogeneous Biomedical Entity Relationships via Graph Neural Networks 
• NESLİHAN DÖNMEZ  continues  Erythrocyte and Plasma Lipidome in Hereditary Hemolytic Anemias

Master Thesis - In Turkish since the program is offered in Turkish

• AÇELYA DALGIÇ   devam ediyor Makine Öğrenmesi Temelli 16S Mikrobiyom Verilerinin İşlenmesi İçin İş Hattı: Tip 1 Diyabet İçin Vaka Çalışması
• MEHMET TEVFİK KARA  devam ediyor Kanser Verilerinde Sentetik Letalite Etkileşimlerinin Araştırılması
• MUHAMMET BÜNYAMİN ŞEN  devam ediyor  ANTİJENLERİN YAPISAL ÖZELLİKLERİ VE ÇİZGE SİNİR AĞLARI KULLANILARAK B HÜCRESİ EPİTOPU TAHMİNİ
• SEYİT SEMİH YİĞİTARSLAN   devam ediyor  Üretken Yapay Zeka ile De novo Protein Tasarımı
• EMİNE YEKTA YILMAZ  devam ediyor  Bağlanma Modlarının Eldesiyle Öncü Bileşik Keşfine Yönelik Sanal Tarama İş Akışı Oluşturulması
• HAVVANUR AYDIN  devam ediyor  Çizge Sinir Ağlari Kullanilarak Protein-Ligand Bağlanma Bölgesi ve Afinite Tahmini
• GÜLÜZAR NUR KARAHAN  devam ediyor  Tez Başlığı (Türkçe)/Title Genomik Yöntemlerle Çözülemeyen Diamond-Blackfan Anemisine Sahip Bireylerde RNAseq ile Genetik Sebebin Araştırılması
• EZGİ AKTEN  devam ediyor  Over Kanseri Transkriptom Verisinde Paklitaksel Direnci ile İlişkili Genlerin Araştırılması
• BENGÜ YAREN BEYAZ  devam ediyor  Fenotip çeşitliliğini açıklamada ALX4 varyantlarının protein modellerinde incelenmesi
• GÜL İÇRE EREN  devam ediyor  Hacettepe Üniversitesi Çocuk Nefroloji Genetik Varyasyon Veri Tabanı Oluşturulması
• DİLA NUR ÇAKAL  devam ediyor Antik genomlarda poligenik risk skor tahmini yaklaşımıyla Anadolu insan popülasyonlarında çeşitli kompleks hastalıklara yatkınlığın araştırılması

Completed

• HANDE ÇUBUKCU  2024  Genotip İmpütasyonunun Antik Anadolu İnsan Genomlarında Değerlendirilmesi
• DAMLA KARADAVUT  2024  Anadolu'daki Nadir Otoinflamatuvar Hastalıklar ile İlişkili Mutasyonlar için Alel Yaşının Hesaplanması
• ECEM KUŞCUOĞLU   2023  Proteinlerin subselüler yerleşimlerinin görüntü, sekans ve interaktom verisi tabanlı tahmini
• İDİL TAÇ  2023  Kompleks hastalıklarla ilişkili genetik varyasyonun zaman-serisi genom dizileme verilerinde popülasyon genetiği yaklaşımları ile incelenmesi
• ERVA ULUSOY  2023  Heterojen biyomedikal verinin bilgi çizgeleri ve derin öğrenme tabanlı analizi ile protein fonksiyonlarının otomatik tahmini
• ATABEY ÜNLÜ 2023     Derin çizge öğrenmesi ile ilaç adayı moleküllerin otomatik şekilde tasarımı
• HANDE MELİSA ACUN  2023 Mikrodizin kaynaklı genotip bilgisi kullanılarak kopya sayısı değişikliklerinde mozaiklik oranının saptanması
• UMUT ONUR ÖZCAN 2022   Yapay öğrenme bazlı hesaplamalı modelleme ile geniş çaplı kanser hücre hattı ilaç yanıt tahmini
• İSMİHAN ALP  2022  Frontonazal nadir bir yüz malformasyonu ile ilişkili aday genlerde protein düzeyinde ın silico analiz
• AYŞE NUR ÇORUH 2022 Kişiselleştirilmiş sağkalım tahmini için geniş çaplı kanser verisinin yapay öğrenme ve çoklu-omik bazlı analizi
• MUNTADHER ZAHID JIHAD  2021 Bayesian networks for omics data analysis in hepatocellular carcinoma single-cell sequencing
• SIDIKA ÖZTOP   2021 Dört farklı kansere ait transkriptom verisinin in silico karşılaştırılması ve pankreas kanserine özgü biyobelirteç adaylarının belirlenmesi
• YAVUZ ADABALI  2019 Exom veri setinden hastalığa özgü varyant veri tabanı oluşturulması
• MECİT AKTAŞ  2019 Prcell: sentetik biyoloji için sinyal yolağı programlamaya yönelik bir yazılım
• MELDA ARSLANTAŞ GÜZEL 2018 İnvasiv duktal meme karsinoması ile ilişkili yanlış anlamlı mutasyonların olası yapısal ve fonksiyonel etkilerinin in silico tahmini ve değerlendirilmesi
• CAN KOŞUKCU  2016  Otozomal dominant peters anomalisi tanısı alan bir ailede yeni gen araştırması