Açık Veri Yönetimi ve Paylaşımı Çalıştayı
Akademik Kadro

Prof. Dr. Erdem Karabulut 

Anabilim Dalı Başkanı 

CV 

e-mail: ekarabul@hacettepe.edu.tr

İletişim

Researcher ID

Dr. Karabulut 2017 yılından itibaren Hacettepe Biyoistatistik Anabilim Dalı'nda Profesör olarak görev yapmaktadır. Orta Doğu Teknik Üniversitesi İstatistik Bölümü'nde lisans eğitimini tamamlamıştır. Yüksek Lisans ve Doktora eğitimini Hacettepe Üniversitesi Biyoistatistik Anabilim Dalı'nda tamamlayan Dr. Karabulut, istatistik analiz ve uygulamaları, tıp bilişimi ve biyoistatistik alanında araştırmalar yapmaktadır. Çalışmaları transkriptom verilerinin analizi için makine öğrenmesine dayalı yeni algoritmalar geliştirilmesi üzerine odaklanmştır. 

 


Prof. Dr. Ayşe Nurten Akarsu

CV

e-mail: nakarsu@hacettepe.edu.tr, nakarsu9@gmail.com

 

İletişim

Researcher ID

Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi'nde 1984 yılında lisans eğitimini, 1994 yılında Tıbbi Biyoloji ve Genetik alanında doktorasını tamamlamıştır. Connecticut Health Center (UCONN) Üniversite'nde iki yıl süren doktora sonrası çalışmaları süresince sinopolidaktili ve konjenital glokom fenotiplerinden sorumlu genleri belirlemiştir. Araştırma konuları genetik modelleme, gen haritalama ve hastalık genlerinin klonlanmasını içermektedir. 1996 yılında Hacettepe Üniversitesi'nde Türkiye'nin ilk gen haritalama merkezini kurmuştur. 1999 yılında Doçent, 2008 yılında Profesör olmuştur. İleri genomik teknolojiler ve biyoinformatik yaklaşımları kullanarak nadir hastalık genlerini belirlediği çok sayıda araştırma projesi yürütmüştür. Şu anda, nedeni bilinmeyen nadir baş ve yüz anomalileri ve kemik iliği yetersiliklerinin genetik temellerini keşfetmek üzerine araştırmalarını sürdürmektedir. Araştırmaları uluslararası  CRANIRARE, EuroDBA ve RiboEurope araştırma ağları tarafından desteklenmektedir. Avrupa İnsan Genetiği Topluluğu (European Society of Human Genetics) 'nda kurul üyesi ve profesyonel kamu komitesi üyesi olarak görev yapmıştır. Dr. Akarsu'nun başarıları TGC Sedat Simavi Ödülü (2011) ve Hacettepe Üniversitesi Bilim Ödülü (2016) ile ödüllendirilmiştir. En son, Nature dergisinde 25 Mayıs 2022 tarihinde yayınlanan “Defining mitochondrial protein functions through deep multiomic profiling” isimli çalışmasın da; görevleri hakkında yeterli bilgi bulunan ve bulunmayan mitokondriyal proteinlere ait genlerin CRISPR/Cas9 yöntemi ile ortadan kaldırıldığı HAP1 hücrelerini inceliyor.


Prof. Dr. Melih Önder Babaoğlu

CV

e-mail: babaoglu@hacettepe.edu.tr

 

İletişim

ORCID

Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi'nden 1994 yılında mezun olan Dr. Babaoğlu, Tıbbi Farmakoloji alanında uzmanlığını yapmıştır. 2010 yılından itibaren Tıbbi Farmakoloji Anabilim Dalı'nda Profesör olarak görev yapmaktadır. Farmakoloji alanında araştırmalarını sürdürmektedir.

 


Prof. Dr. Fatih Özaltın

CV

e-mail: fozaltin@hacettepe.edu.tr

İletişim

ORCID

Researcher ID

1988 yılında Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi'ne girdim, 1994 yılında aynı fakülteden 34.Dönem birincisi olarak mezun oldum. Kasım 1994'de Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Anabilim Dalı'nda Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Uzmanlık eğitimine başladım. Eylül 1998-Aralık 1999 arasında Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Başasistanlığı görevini yaptım. Mayıs 2000'de Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Çocuk Nefroloji ve Romatoloji Ünitesi'nde Çocuk Nefroloji ve Romatoloji uzmanlık eğitimine başladım. Kasım 2002'de bu eğitimi tamamlayarak Çocuk Nefroloji ve Romatoloji uzmanı oldum. 2004-2005 arasında 1 yıl süreyle Amerika Birleşik Devletleri'nde Michigan Üniversitesi/Ann Arbor'da nefrolojide genetik çalışmalar yapmak üzere bulundum. Döndükten sonra Kasım 2005'de Hacetepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Anabilim Dalı'nda yardımcı doçent, Aralık 2006'da da doçent olarak atandım. 2018'de Profesör olarak atandığım aynı fakülte ve anabilim dalında Profesör olarak çalışmaktayım. 2006 yılında Hacettepe Üniversitesi bünyesinde nefrolojide genetik çalışmaların yapıldığı "Nefrogenetik Laboratuvarı"nı kurdum. Avrupa Birliği projelerine ortak olarak katıldım ve tamamı laboratuvarımız ve üniversitemiz imkanlarıyla tamamlanan 4 yeni genin keşfini Hacettepe Üniversitesi'nde gerçekleştirdim. Uluslararası işbirliğiyle 9 yeni genin keşfine de birincil katkı sundum.


Prof. Dr. Yeşim Er Öztaş

CV

e-mail: yoztas@hacettepe.edu.tr

 

İletişim

Researcher ID

Yeşim Er Öztaş 1998 yılında Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi (İngilizce) 'den mezun olmuş, aynı yıl Ankara Üniversitesi Tıp Fakültesi’nde Biyokimya uzmanlık eğitimine başlamıştır. 2002 yılında Harvard Üniversitesi Tıp Fakültesi Çocuk Hastanesi Laboratuvar Tıbbı bölümünde ziyaretçi araştırmacı olarak bulunmuş, 2004 yılında Tıbbi Biyokimya uzmanlığını almıştır. Hacettepe Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü’nde  2010  yılında Biyokimya Doktorasını tamamlamıştır. 2012-2013 yıllarında Hacettepe Hastaneleri Acil Biyokimya laboratuvarında sorumlu uzman olarak görev yapmış, 2021 yılında Tıbbi Biyokimya Anabilim Dalı'nda profesör kadrosuna atanmıştır. Esas çalışma alanı lipit biyokimyası olup ileri kütle spektrometri teknikleri ile lipit analizi, biyoaktif lipitler ve yeni lipitlerin tanımlanmasıyla ilgilenmektedir.


Doç. Dr. Tunca Doğan

CV

e-mail: tuncadogan@gmail.com

 

İletişim

ORCID

Researcher ID

Google Scholar

Orta Doğu Teknik Üniversitesi Mühendislik Fakültesi'nde proses mühendisliği alanında lisans ve yüksek lisans eğitimi aldıktan sonra, 2010 yılında doktora çalışmaları sırasında hesaplamalı biyoloji ve biyoinformatik alanlarında araştırma yapmaya başlamıştır. İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü, Elektrik ve Elektronik Mühendisliği Bölümü ve DEÜ Sağlık Bilimleri Enstitüsü ve Tıp Fakültesi, tarafından yürütülmekte olan ortak Biyomühendislik doktora programından 2013 yılında mezun olmuştur. Dr. Doğan, İngiltere'de yer alan Cambridge Üniversitesi'nde ve Avrupa Biyoinformatik Enstitüsü (EMBL-EBI), Protein Fonksiyon Geliştirme takımında 2013-2016 yılları arasında doktora sonrası araştırmacı olarak çalışmıştır. 2016-2019 yılları arasında aynı anda EMBL-EBI'da tecrübeli araştırmacı olarak ve ODTÜ Enformatik Enstitüsü'nde konuk öğretim üyesi olarak hizmet vermiştir. Dr. Doğan halen Hacettepe Üniversitesi Bilgisayar Mühendisliği Bölümü ve Bilişim Enstitüsü'nde öğretim üyesi olarak görev yapmaktadır. Biyoinformatik ve kemoinformatik alanlarındaki araştırmaları, biyomoleküler sekans analizi, protein fonksiyon tahmini ve hesaplamalı ilaç keşfi için veri bilimi, yapay zeka ve makine öğrenmesi tabanlı hesaplamalı yöntemler geliştirmek ve uygulamak olarak özetlenebilir.


  Doç. Dr. Ceren Sucularlı

  CV

  e-mail: ceren.sucularli@hacettepe.edu.tr

 

İletişim

Hacettepe Üniversitesi Biyoloji Bölümü'nde lisans eğitimini tamamlayan Dr. Sucularlı İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü'nde doktora eğitimini tamamlamıştır. Doktora sonrası araştırmalarını University of Michigan, Department of Pediatrics, Division of Genetics, Ann Arbor, MI, USA'da yapmıştır. 2013 yılından itibaren Hacettepe Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü Biyoinformatik Anabilim Dalı'nda görev yapmaktadır. 


Dr. Öğr. Üyesi İdil Yet

CV

e-mail: idil.yet@hacettepe.edu.tr

 

İletişim

 

Web of Science ResearcherID: H-8848-2017

ORCID kimliği: https://orcid.org/0000-0002-1227-0716

2007 yılında Başkent Üniversitesi İstatistik ve Bilgisayar Bölümü'nde lisans eğitimini tamamlayan Dr. Yet, 2011 yılında Orta Doğu Teknik Üniversitesi Sağlık Bilişimi Bölümü'nde yüksek lisans eğitimini tamamlamıştır. 2016 yılında Kings College London'da Biyoinformatik doktorasını tamamlayan Dr. Yet'in araştırmaları Nature Genetics, Nature Communications, Genome Biology, BMC Bioinformatics gibi prestijli dergilerde yayınlanmıştır. 2020 yılında prestijli bir ödül olan L'Oréal-UNESCO işbirliğinde For Women in Science ödülünü kazanmıştır.


Dr. Öğr. Üyesi Arda Çetinkaya

CV

e-mail: ardabiochem@yahoo.com

 

►İletişim

2009 yılında Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi'nde lisans eğitimini tamamlayan Dr. Çetinkaya, 2011 yılında Hacettepe Üniversitesi Tıbbi Biyoloji Anabilim Dalı'nda doktorasını tammalamıştır. 2019 yılından itibaren Tıbbi Genetik Anabilim Dalı'nda öğretim üyesi olarak görev yapmaktadır. En son, Nature dergisinde 25 Mayıs 2022 tarihinde yayınlanan “Defining mitochondrial protein functions through deep multiomic profiling” isimli çalışmasın da; görevleri hakkında yeterli bilgi bulunan ve bulunmayan mitokondriyal proteinlere ait genlerin CRISPR/Cas9 yöntemi ile ortadan kaldırıldığı HAP1 hücrelerini inceliyor.


Dr. Öğr. Üyesi Gülşah Merve Kılınç

CV

e-mail: gulsahhdal@gmail.com, gulsahkilinc@hacettepe.edu.tr

 

İletişim

ORCID

►Researcher ID

Google Scholar

2010 yılında Hacettepe Üniversitesi Biyoloji Bölümü'nde lisans eğitimini tamamladı. Ardından 2010-2014 yılları arasında İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi'nde Moleküler Biyoloji ve Genetik alanında doktorasını tamamladı. Doktora araştırmaları süresince biyoinformatik yaklaşımlarla hastalıkların genetik nedenlerini anlamak ve sağlıklı insanlarda görülen de novo mutasyonlar üzerine araştırmalar yaptı. Doktora sonrasında Orta Doğu Teknik Üniversitesi, Uppsala Üniversitesi ve Stockholm Üniversitesi olmak üzere Türkiye ve İsveç'te arkeogenomik ve insan popülasyon genetiği üzerine doktora sonrası araştırmalarını yaptı. Araştırmaları, Paleolitik dönemden günümüze insan topluluklarının genetik yapılarını ve hastalıklarını anlamak üzerine odaklanmıştır. Dr. Gülşah Merve Kılınç'ın yayınları Science AdvancesCurrent Biology and Plos Biology gibi prestijli dergilerde yayınlanmıştır.

 

ALUMNI

 

Prof. Dr. Ergun Karaağaoğlu

CV

e-mail: ekaraaga@hacettepe.edu.tr

 

İletişim

ORCID

Researcher ID

Hacettepe Üniversitesi İstatistik Bölümü'nde lisans eğitimini tamamlayan Dr. Karaağaoğlu yüksek lisans ve doktorasını Hacettepe Üniversitesi Biyoistatistik Anabilim Dalı'nda tamamlamıştır. 2022 yılından Biyoistatistik Anabilim Dalı'ndan Profesör olarak emekli olmuştur.


Can Koşukcu

CV

e-mail: cankosukcu@gmail.com, cankosukcu@hacettepe.edu.tr

 

İletişim

ORCID

Google Scholar

2013 yılında Hacettepe Üniversitesi Biyoloji Bölümü'nde lisans eğitimini, 2013-2016 yılları arasında Hacettepe Üniversitesi Biyoinformatik Anabilim Dalı'nda yüksek lisans eğitimini tamamladı. 2016 yılından beri Hacettepe Üniversitesi Moleküler Metabolizma programına kayıtlı doktora öğrencisidir.  2016 -2022 yılları arasında Hacettepe Üniversitesi Biyoinformatik Anabilim Dalı'nda Araştırma Görevlisi kadrosunda çalışmıştır. Araştırmaları süresince farklı yeni nesil dizileme platformlarının ıslak laboratuvar çalışmaları ve biyoinformatik analizlerini gerçekleştirmiştir. Çalışmaları; Tüm Ekzom ve Genom Dizileme, RNA-Seq, Metabolom başta olmak üzere farklı omik verilerininin Biyoinformatik analizleri üzerinedir. Özellikle nadir hastalıkların genetiği üzerine araştırmalar yapmıştır. Doktora tez konusu "Kalıtsal Metabolik Hastalıklarda Biyoinformatik Analiz, Derin Fenotipleme, Protein Modelleme Ve Yolak Analizleri ile Tanı Algoritmalarının Geliştirilmesi" olan Can Koşukcu'nun uluslararası hakemli SCI kapsamındaki dergilerde bir çok yayını bulunmaktadır. Qiagen şirketinin biyoinformatik grubunda  takım liderliği yapmaktadır.